PEPPOL et déductibilité. Qu’en est-il ?

Contexte de la controverse (fin 2025 – janvier 2026)

Des rumeurs circulaient que seule une facture PEPPOL structurée ouvrirait le droit à déduction, créant une incertitude majeure pour les PME et indépendants en transition.
La loi du 22 décembre 2023 (modifiant le Code TVA) et l’arrêté royal du 8 juillet 2025 imposent l’émission et la réception de factures électroniques structurées pour les transactions B2B domestiques entre assujettis TVA.
En théorie, la facture régulière (art. 3, § 1er, 1° de l’AR n° 3) est une condition pour exercer le droit à déduction. Certains interprétaient cela strictement : sans facture structurée conforme, pas de déduction possible. Avec le risque évident de redressement TVA pour le destinataire.

Clarification définitive (février 2026)

Un arrêté royal du 17 décembre 2025 (publié au Moniteur belge le 31 décembre 2025) a modifié l’AR n° 3 relatif aux déductions TVA. Il intègre explicitement le principe de prééminence du fond sur la forme (substance over form), aligné sur la jurisprudence constante de la CJUE .
Le droit à déduction de la TVA étant un principe fondamental de neutralité, il doit être reconnu dès que les conditions matérielles (opération réelle, biens/services utilisés pour opérations taxées, TVA effectivement payée, etc.) sont remplies, même si des conditions formelles (le format de la facture) ne le sont pas pleinement.
Selon la Circulaire belge 2017/C/64 (12/10/2017), l’administration ne peut imposer des conditions supplémentaires qui font obstacle à la déduction si elle dispose des éléments pour vérifier les conditions de fond.

En pratique, depuis février 2026 :

Même si le fournisseur n’a pas émis une facture structurée malgré l’obligation, le destinataire peut déduire la TVA si :

• Il prouve l’authenticité, l’intégrité et la lisibilité de la facture (mentions obligatoires art. 5 AR n° 1 présentes).
• L’opération sous-jacente est réelle et taxable.
• L’administration fiscale belge (SPF Finances) admet cette déduction

La facture structurée reste la seule légalement conforme pour l’émission et ouvre la possibilité à des sanctions pour le fournisseur allant de 1 500 à 5 000 € en cas de nos respect. Le destinataire ne peux toutefois pas être pénalisé sur la déduction si le fond est respecté.

Conséquences pratiques au 3 mars 2026

• Pour les professionnels du chiffre et entreprises : plus de panique sur la déductibilité.
• Le fournisseur non conforme reste exposé à des amendes et une obligation de correction.
• La chaîne TVA est maintenue : le destinataire déduit, mais peut réclamer au fournisseur une facture  conforme.